Posta alle pendici dell’altura su cui s’estende l’abitato di Mottola, a poca distanza dal casale benedettino di Sant’Angelo a Casalrotto, la Chiesa rupestre di Santa Margherita nel Medioevo era collegata con strade alla città e al casale, nonchè alla via consolare, importante arteria pedemontana che metteva in comunicazione Taranto con Matera.
